Журнал «Современная Наука»

Russian (CIS)English (United Kingdom)
МОСКВА +7(495)-142-86-81

Математическая модель поиска активных центров в структуре взаимодействия белков с малыми молекулами SO2, H2S, NO2, NH3

Золотарева Наталья Валерьевна  (К.т.н., доцент, ФГБОУ ВО «Астраханский государственный университет», Астрахань)

Евсина Елена Михайловна  (К.т.н., доцент, ГАОУ АО ВО «Астраханский государственный архитектурно-строительный университет», Астрахань)

Предлагается математическая модель поиска активных центров, участвующих во взаимодействии с малыми молекулами, на основании статического метода с введением в расчет энергетических, структурных и зарядовых характеристик. Результатом подобного моделирования является составление молекулярных диаграмм активных центров поверхности, подверженной воздействию токсиканта. При формулировке математической модели приняты следующие допущения: 1) сложная геометрия клеточной мембраны представлена в виде отдельных структурных компонентов – белковая, углеводная, липидная/фосфолипидная; 2) в качестве молекулярной модели белковой системы используется n-пептид, состоящий из последовательности аминокислотных остатков и записанный в виде z-матрицы во внутренних координатах (или набора декартовых координат); 3) межмолекулярное взаимодействие осуществляется за счет формирования многочастичных водородных связей по типу бимолекулярной реакции. Результаты математического моделирования могут быть представлены в виде графических схем конкретного участка белковой системы, подверженной воздействию токсиканта (молекулярная диаграмма активных центров поверхности). Для составления диаграммы выбраны рассчитанные показатели – длина связи, заряд (под атомом) и величина π-электронной плотности (вынесена стрелочкой). Разработанная математическая модель поиска активных центров белковых систем, позволяет локализовать участок, подверженный воздействию со стороны молекулы токсиканта. На основании полученных результатов может быть сформирован банк данных о распространенности, токсичности таких малых молекул, как SO2, H2S, NO2, NH3, CO и их ионизированных форм, о конкретных функциональных группах белковой системы, подверженной наибольшему воздействию.

Ключевые слова:математическая модель, токсиканты, структурные компоненты, центры белковых систем, ионизированные формы.

 

Читать полный текст статьи …



Ссылка для цитирования:
Золотарева Н. В., Евсина Е. М. Математическая модель поиска активных центров в структуре взаимодействия белков с малыми молекулами SO2, H2S, NO2, NH3 // Современная наука: актуальные проблемы теории и практики. Серия: Естественные и Технические Науки. -2019. -№3. -С. 69-73.
ПРАВОВАЯ ИНФОРМАЦИЯ:
Перепечатка материалов допускается только в некоммерческих целях со ссылкой на оригинал публикации. Охраняется законами РФ. Любые нарушения закона преследуются в судебном порядке.
© ООО "Научные технологии"